428–431 (sinodul – iunie 431); unirea din 433 (stabilită între 437–438)

Controversa nestoriană și al Treilea Sinod Ecumenic (Efes, 431); unirea din 433

Nestorie, un călugăr antiohian, a devenit episcop al Constantinopolului în anul 428. Urmându-l pe Teodor de Mopsuestia, el a respins numirea Mariei drept „Theotokos” (Născătoare de Dumnezeu), preferând termenul „Christotokos”. El a vorbit despre o simplă „conjuncție” (synapheia) a celor două naturi. În fapt, acest lucru le făcea să fie două persoane unite doar printr-o uniune morală.

Chiril al Alexandriei a fost susținut de Roma (papa Celestin). El a insistat asupra „uniunii ipostatice” a Cuvântului cu trupul. În a treia sa scrisoare, el a emis douăsprezece anatematisme împotriva lui Nestorie.

Convocat de Teodosie al II-lea, sinodul s-a deschis la Efes în iunie 431. Chiril nu i-a așteptat pe episcopii antiohieni și l-a condamnat și depus pe Nestorie. Ioan al Antiohiei a sosit câteva zile mai târziu și a convocat un sinod rival. Acesta, la rândul său, l-a depus și excomunicat pe Chiril. Legații occidentali au fost de partea lui Chiril.

Împăratul i-a arestat pe reprezentanții ambelor tabere, dar în cele din urmă a susținut deciziile sinodului lui Chiril. Nestorie a fost exilat și a murit în Egipt. Acolo, sub pseudonim, a scris lucrarea apologetică „Cartea lui Heraclide”.

Negocierile prelungite s-au încheiat în 433 cu „Formula de unire”. Această mărturisire antiohiană îl prezenta pe Hristos ca Dumnezeu desăvârșit și om desăvârșit, deoființă cu Tatăl și cu noi, având-o pe Maria ca Theotokos. Chiril a acceptat-o, spre consternarea alexandrienilor extremiști (viitorii monofiziți) și a unor antiohieni.

Nestorienii ireconciliabili s-au retras în estul Siriei și în Persia. Acolo a luat naștere o Biserică a Răsăritului separată.