1629–1787
Zdrobirea hughenoților și revocarea Edictului din Nantes
După asasinarea lui Henric al IV-lea (1610), Maria de' Medici a confirmat Edictul din Nantes. Însă apropierea ei de Habsburgi a provocat revolte hughenote. Cardinalul Richelieu i-a sprijinit pe protestanții din Germania, dar le-a zdrobit puterea politică și militară în Franța. După un asediu de un an, La Rochelle a căzut: din 25.000 de locuitori, au supraviețuit 1.500. În 1629, Richelieu a emis un edict de toleranță religioasă și civilă, punând capăt războaielor.
Coroana a desființat sinodul național în 1659. Ludovic al XIV-lea era convins că protestanții reprezintă o minoritate neglijabilă. A acționat mai întâi prin stimulente, iar după 1684 prin dragonade. În 1685, a revocat Edictul din Nantes prin Edictul de la Fontainebleau, scoțându-i pe protestanți în afara legii.
Aproape jumătate de milion de hughenoți, în majoritate negustori și meșteșugari prosperi, au fugit în Elveția, Germania, Anglia, Țările de Jos și America de Nord. Exodul lor a cauzat Franței pierderi economice semnificative.
Cei care au rămas, convertiți nominal, se închinau în secret pe câmpii și în păduri, ca „biserică a deșertului”. S-au confruntat cu galerele, închisoarea și execuția pastorilor. Predicile apocaliptice au alimentat revolta țărănească a camizarilor, reprimată până în 1709. Această stare a durat până când Antoine Court a convocat primul sinod al Bisericii Reformate Franceze în 1715, iar Ludovic al XVI-lea a proclamat în cele din urmă toleranța în 1787.