476–477 (Enciclica lui Basiliscus); 482 (Henotikonul lui Zenon) – 519 (sfârșitul schismei acaciene)
Henotikonul lui Zenon și schisma acaciană
Căutând să îi reconcilieze pe ortodocși și pe monofiziți, uzurpatorul Basiliscus a emis o scrisoare enciclică în anii 476–477. Aceasta anatematiza Sinodul de la Calcedon și „Tomosul” lui Leon.
Zenon, revenit la putere, a emis un decret de compromis în anul 482, la sfatul patriarhului Acacius al Constantinopolului – „Henoticonul” („decretul de unire”). Acesta reafirma Crezul niceean și anatemele lui Chiril și îi condamna atât pe Nestorie, cât și pe Eutihie. Însă trecea sub tăcere problema „naturilor” lui Hristos și menționa în mod ambiguu „Calcedonul sau orice alt sinod”.
Compromisul nu i-a satisfăcut nici pe monofiziții stricți, nici pe calcedonieni, dar a provocat o ruptură bruscă cu Roma. Papa a declarat că împăratul nu are dreptul să decidă chestiuni de credință, iar Felix al III-lea l-a excomunicat și l-a destituit pe Acacius. Așa-numita schismă acaciană dintre Roma și Constantinopol a durat până în 519. În acel an, împăratul Iustin I și papa Hormisdas au restabilit comuniunea în termenii Romei, reafirmând efectiv Calcedonul.