1531–1555
Liga de la Schmalkalden, războiul și Pacea religioasă de la Augsburg
La 27 februarie 1531, principii și orașele protestante au format Liga de la Schmalkalden pentru a se apăra împotriva împăratului. Pacea de la Nürnberg din 1532 a oprit temporar persecuția.
Luther a murit la 18 februarie 1546. După moartea sa, Carol al V-lea a zdrobit Liga în Războiul de la Schmalkalden, în Bătălia de la Mühlberg din 24 aprilie 1547. El a impus protestanților mai întâi Interimul de la Augsburg și apoi pe cel mai blând de la Leipzig. Acest lucru a provocat dispute amare adiaforiste și de altă natură în cadrul luteranismului.
O revoltă a principilor protestanți condusă de Mauriciu al Saxoniei l-a forțat pe împărat să accepte Pacea de la Passau. În septembrie 1555, Pacea de la Augsburg a stabilit principiul „cuius regio, eius religio” (a cui este regiunea, a aceluia este religia). A recunoscut doar catolicismul și luteranismul, lăsându-i pe reformați în afara legii. Carol al V-lea a abdicat curând.